Суть проблемы в заголовке.
У стандартных отчетов маломальски сохраняются настройки, у внешних нет. Особенно проблема актуальна для множественных фильтров.
Иногда при открытии вместо флажков появляются цифры, иногда флажок стоит, подбор сбрасывается.
Может кто сталкивался, помогите победить.

(0) Это в той проблемной БД?

(1) Нет. В другой

(0) отчеты с одинаковым именем файла? Могут перетирать настройки.

Для списочных реквизитов формы (сз/тз всяких) флаг "сохранять при сохранении настройки" в конфигураторе по умолчанию не ставится (в отличие от "обычных" реквизитов формы).
логика такого действия понятна - можно при восстановлении настройки "на чисом глазу" получить список из непонятно-чего ("висящие ссылки", например, после убиения объектов данных). ЕСЛИ есть уверенность в том, что это не произойдет (или если произойдет - юзверь обязательно подправит МФ) - просто в свойствах элемента диалога (сз для МФ) эту галку (сохранять при сохранении настройки) поставить - и будет вам щястье

В типовой ТИС есть проблемы с сохранением и восстановлением МФ, жевали, смотри на ИС