Скорее всего загруженная конфигурация в конвертацию не соответствует той, для которой загружается конвертация (судя по тому, что загрузка конвертации не находит регистр сведений). Надо выгрузить и загрузить метаданные конфигураций заново, регистры сведений скорее всего не выгружались при экспорте метаданных
(8) Галка "Выгружать регистры сведений" стоит при выгрузке?
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший