Добрый день! Подскажите, правильно ли будет списать все остатки которые имеются, а затем поставить на учет то что есть по факту на складе, не будет ли это ошибочно?

поставить на баланс можно только 100 бут на любом регистре в месяц.
не далай этого)

Фсрар нахмурится. Есть ограничение по объёму на такие действия.

(1) 100бутылок в месяц поставить на баланс - это в смысле через корректировку остаток ЕГАИС?

100бутылок - 100штук разных наименований?

или 100бутылок одного наименования, 100бутылок второго наименования и т.д.?

100 бутылок всего

http://wiki.egais.ru/wiki/Акт_постановки_на_баланс_на_2_регистр_в_УТМ