Если у справочника есть владелец, можно ли у уже существующей записи его убрать владельца? Или владелец не может быть пустым?

зачем?

Чтобы удалить родительский объект допустим

помечаешь на удаление владельца и подчиненные и удаляешь стандартной обработкой

(2)Тогда сначала удали подчиненные. Без родителя они все равно смысла не имеют.

*без владельца

(0) Если под фразой "у справочника есть владелец" имеется ввиду подчинённый справочник, то владелец не может быть пустым.
(2) "Родитель" - это признак иерархического справочника. Не путать с подчинённым справочником.

PS: А удалить можно всё - и владельца, и родителя. Непосредственно :) В записях вместо них будет <объект не найден>. "Можно, но нужно ли?"(цы)