Как в типоаой бух 3.0 программно задать структуру подчиненности?

Заполнить соответствующее поля в шапке или в ТЧ. Программно

(1)
заполнение реквизита ДокументОснование вопрос не решает, там что-то еще надо сделать

(2) Нужно позвать программиста.

Идешь в критерий отбора СвязанныеДокументы, смотришь тип - указываешь там свой, если он может быть родителем. В Составе указываешь, где искать родителя.

(4) И это все программно!