Функциональная опция "ИспользоватьНесколькоБанковскихСчетовОрганизации"
включается в тот момент когда у одной организации будет заведено хотя бы 2 банковских счёта.
Если у вас уже заведено у одной организации более чем один счёт (например, это осуществлялось загрузкой данных), то просто зайдите в карточку любого банковского счёта и нажмите "Записать"