Добрый день.

С 1 января перешли на УСН доходы-расходы (до этого было доходы).

За декабрь 2017 г. зарплата была начислена в декабре, а выдача в январе, в итоге документы по выдаче попадают в расходы УСН.

Перечисление НДФЛ, за декабрь 2017, сделано в январе, также попадает в расходы УСН.

Как это убрать, ведь это расходы не 2018, а 2017 года?

УПП 1.3 последняя версия.

коды дохода, даты выплаты и месяц за который начислена. Для кода 2000 с датой выплаты Январь с месяцем начисления Декабрь будет все правильно.

(1)
ЗП за декабрь 2017 г.
1) начисление зарплаты сотрудникам организаций от 29.12.2017 г.
2) зарплата к выплате организаций от 10.01.2018 г.
3) расходный кассовый ордер от 10.01.2018 г.
Код дохода 2000.
Получается выплата за декабрь 2017 года в январе 2018 года. Как в вашем сообщении.

Можно ссылку, почему так будет правильно?

Прочитал вот (Статья 346.17. Порядок признания доходов и расходов):
4. При переходе налогоплательщика с объекта налогообложения в виде доходов на объект налогообложения в виде доходов, уменьшенных на величину расходов, расходы, относящиеся к налоговым периодам, в которых применялся объект налогообложения в виде доходов, при исчислении налоговой базы не учитываются.

получается, только руками править в программе?

(2) выплата правильно, если она в январе - там нормально должно быть все.
В документе выплаты создаются движения, закрывающие начисленный НДФЛ декабря последним днем декабря, именно для кода дохода 2000. Совпадет с 6-НДФЛ. Насколько это нужно для УСН не смотрел - "мои" бухгалтера на такую ошибку не жаловались

В отчете по анализу состояния НУ УСН по сотрудникам (зарплата) и налогам считаются суммы и за январь и за декабрь - при проведении 31 янв. 18 г. отражения зп в регл. учете эти суммы попадают в РН Расходы при УСН. А п/п исх в январе, которыми перечисляется налог / взносы, этот регистр не закрывает.