Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.УстановитьПараметр("ТаблицаДляОтбора",Таблица);
    Запрос.УстановитьПараметр("ФизическоеЛицо",Физлицо);
    Запрос.УстановитьПараметр("КостЦентр",КостЦентр);
    Запрос.Текст =    
"Выбрать
    | *
    |ПОМЕСТИТЬ ВТ_ТаблицаДляОтбора
    | ИЗ
    | &ТаблицаДляОтбора КАК ТаблицаДляОтбора
    | ;
    | //////////////////////////////////////////////
    |Выбрать
    | *
    | ИЗ
    | ВТ_ТаблицаДляОтбора КАК ВТ_ТаблицаДляОтбора
    | ГДЕ
    | ВТ_ТаблицаДляОтбора.ФизическоеЛицо = &ФизическоеЛицо
    | И ВТ_ТаблицаДляОтбора.СтатьяФинансирования = &КостЦентр";

а Таблица.Найтистроки(структураПоиска) нельзя использовать?
не уверен в плане скорости, но в плане чтения кода дак точно лучше будет

Внимательно слушаем.

(1) В плане скорости будет лучше, потому что не будет теребонькать сетевой стек, скл сервер и опять сетевой стек.

А если полностью:
Процедура Сформировать(ТаблицаПроводок,ДопПарам,ТаблицаНДФЛ,ТаблицаНачислений)

Если ТаблицаНДФЛ.Количество() = 0 Тогда
    Возврат;
КонецЕсли;
НомерСтроки = 0;
Для каждого СтрокаТаблицы Из ТаблицаНДФЛ Цикл
ОтобратьТаблицуПоСотруднику(ТаблицаНачислений,СтрокаТаблицы.ФизическоеЛицо,СтрокаТаблицы.СтатьяФинансирования);
КонецЦикла;
КонецПроцедуры

Функция ОтобратьТаблицуПоСотруднику(Таблица,ФизЛицо,КостЦентр)
Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.УстановитьПараметр("ТаблицаДляОтбора",Таблица);
    Запрос.УстановитьПараметр("ФизическоеЛицо",Физлицо);
    Запрос.УстановитьПараметр("КостЦентр",КостЦентр);
    Запрос.Текст =    
"Выбрать
    | *
    |ПОМЕСТИТЬ ВТ_ТаблицаДляОтбора
    | ИЗ
    | &ТаблицаДляОтбора КАК ТаблицаДляОтбора
    | ;
    |//////////////////////////////////////////////

    |Выбрать
    | *
    | ИЗ
    | ВТ_ТаблицаДляОтбора КАК ВТ_ТаблицаДляОтбора
    | ГДЕ
    | ВТ_ТаблицаДляОтбора.ФизическоеЛицо = &ФизическоеЛицо
    | И ВТ_ТаблицаДляОтбора.СтатьяФинансирования = &КостЦентр";
Возврат Запрос.Выполнить.Выгрузить();
КонецФункции

(4) Запросы циклом - наше все

+(5) В запросе необходимо "ТаблицаНДФЛ" использовать (внутреннее соединение), либо как в (1) посоветовали.

(5) Вы просто не умеете их готовить.... или умеете

а как вам "*" в запросе?
а как вам использование менеджерВременныхТаблиц?
функция ОтобратьТаблицуПоСотруднику - отрабатывает в холостую, результат нигде не сохраняется

Да и вообще &ТаблицаДляОтбора - плохая идея, правда не помню почему