Задача, аналогичная v8: Как удалить границу последовательности 1С 8?,  по которой так никто и не ответил.
В БП есть организация, помеченная на удаление, которую нужно удалить. Ссылок на организацию нигде в базе нет, кроме записи в границе последовательности по одному из документу. В самом документе среди реквизитов ссылки на эту организацию тоже нет, т.е. осталась каким-то образом только в границах последовательности по документу. Соответственно красиво удалить организацию никак не получается. т.к. на нее существует ссылки в границах. Как можно удалить запись по этой границе ? В таблице последовательности записей по организации нет, есть только в границах...

Разобрался как победить.
Может кому понадобится..
Нужно было явно добавить в набор записей последовательности по этому документу запись с этой организацией. После последующего перепроведения документа запись по этой "неправильной" организации сама удалилась из записей набора последовательности, а также и из границ.

ну перепроведи этот документ.

(2)  Если бы так все просто было..просто перепроведение документа не лечит ситуацию. Помогает только явно добавление к набору записей последовательности этой "косячной" записи и последущее перепроведение. Если это не делать, то платформа "не видит" вообще эту границу по этому документу и оставляет ее при любых операциях.