Есть запрос с конструкцией разрешенные. Выводит нужные данные.
На базе этого запроса (один к одному) на СКД построен отчет, который выводит данные, недоступные этому пользователю.
Как такое может быть? Что я не учел?

выбрать разрешенные?

Т.е. условно говоря в запросе пользователь получает данные по разрешенным ему 100 документам, а в отчете на точно таком же запросе получает данные по 1000 документов из них 900 на которые у него нет прав.

(1) Ну так я в (0) написал, что в запросе эта конструкция есть, соответственно и в запросе СКД тоже. Но отрабатывает по-разному.

(0) для начала надо выгрузить обе СКД в xml и сравнить.
Можешь выложить куда-нибудь, посмотрим