Добрый день!

Подскажите, пожалуйста, как во внешнем отчете к списку выводимых сотрудников подцепить подразделение, в котором он числится?

ЗУП 3.1. Знаю, что есть экспортная процедура, но как её правильно в СКД вызвать, если это вообще возможно?

Если СКД, то изучай механизм представлений.
Посмотри как сделано в типовых отчетах.
Экспортная процедура для получения подразделения сотрудника здесь не нужна.