За основу хочу взять библиотеку стандартных подсистем и совместить с библиотекой подключаемого оборудования. Как это сделать, чтобы не сломать функционал общей базы

Там вроде инструкция есть, особых проблем быть не должно

(1) в документации какой библиотеки?

По хорошему надо бы обе)
Но чисто с точки зрения здравого смысла БПО ставится поверх БСП, соответственно - БПО, после развертывания БСП