В типовой бух 3 была сделана подписка на событие при проведении и модуль в общих модулях добавлен с кодом. Сохранится ли это все после типового обновления?

Да.

сделана не в расширении, в основной конфигурации, это в данном случае не помешает?

(2) Новые объекты не мешают при обновлении.

да .вчера смотрел про подписки инфу . в обновлениях они не мешают

(0) Подписка - сохранится. А вот процедура обработки может измениться...

Смотря что за код. С очередным обновлением запросто могут начать или перестать записывать движения внутри обработки проведения, а ты в подписке вдруг опираешься на это