Как выбрать значения с типом справочник?
Не с конкретным типом справочника "Справочник.Номенклатура" и пр., а с типом любого справочника?

Никак

По метаданным собрать запрос через "объединить"

+ Динамически сформировать текст запроса

*Сделал невинное лицо*
Установить тип СправочникСсылка

ВЫБРАТЬ
  <ИмяРек>
ИЗ
  <ИмяТаблицыГдеИмяРекИмеетТипЛюбогоСправочника>