Подскажите пожалуйста, как будут маркироваться остатки обуви? Каждая пара отдельно или возможно как то сделать так что бы можно было коробками забить товар в 1С?

Напомни в чем смысл маркировки

(1) ИБД защиты от контрафакта, кошение деревянных, а что?

https://честныйзнак.рф/business/projects/footwear/
вроде как каждая пара

(0) Агрегация (коробками) на текущий момент не работает нигде, вообще ни у кого.
мы для обуви используем это - https://it-klaster.com/product/1s-markirovka-v-khameleontsrpt/1s-markirovka-v-khameleontsrpt/ в связке с ПО "Склад 15" для ТСД от клеверенс https://www.cleverence.ru/WH15/
в телеграме есть куча чатов с обсуждениями.