Настроен типовой обмен.
  Из Бух в УТ переносится документ поступление денежных средств.
  Задача:
  1. Документ Поступление ДС в любом случае не переносится из УТ в БУХ.
  2. если в УТ в документе ПоступлениеДС выставлен вручную некий признак (галка) , то документ не обновляется из Бух в УТ.

  Первая часть решена. Выгрузил правила регистрации из УТ и поставил Отказ = Истина; в обработчике передОбработкой.
  
  Как реализовать вторую часть ?
  В бухгалтерии не могу найти правила регистрации.

так же как первую.

(1) а можно подробнее ?

Если ТвойФлаг Тогда
Выгрузил правила регистрации из УТ и поставил Отказ = Истина; в обработчике передОбработкой
КонецЕсли;

только уже БП)

(4) Вопервых я в бух не могу найти правила регистрации.
    В УТ - НСИ и Адм - Интеграция - Синхронизация данных - НастройкиСинхронизации - Настроить- ПараметрыСинхронизации - ЗагрузитьПравила регистрации объектов
и там можно выгрузить правила.
    В бух по этому пути нету "Загрузить Правила"

Во !!!
  Нашел. Они же в регистресведений :)
  Сейчас исправлю чего нибудь

Где находятся правила я нашел, только не совсем разобрался как нужно их исправить , чтобы решить задачу.
  Если как сказано в (3) попытаться
  Если Объект.ТвойФлаг Тогда
       Отказ = Истина;
  КонецЕсли;

  То так негодится. Объект то из Бух базы, а флаг есть в торговой базе.

для правил регистрации пытаешься составить условия по несуществующим в текущей базе признакам

(8) Вроде как посоветовали.
    Так вот я тоже думаю, что так нельзя.
    Если что то и править то в правилахУт, где есть этот признак.
    Объект.МойФлаг

    Но там и так в любом случае отказ.

Я вот что придумал.
    В модуле документа :
Процедура ПередЗаписью(Отказ, РежимЗаписи, РежимПроведения)
    
    Если ОбменДанными.Загрузка И МойФлаг Тогда
        Отказ = Истина;
                Возврат;
    КонецЕсли;