Бывает, что срочно нужно внести изменения в базу, поэтому убиваю все сеансы, в том числе фоновые задания из консоли кластера. Но соединения фоновых заданий остаются, не удаляются (точнее удаляются из списка, но тутже снова появляются) и не дают обновить конфигурацию базы данных. Помогает только перезапуск службы сервера 1С.
Как от них избавиться? Или как правильно убивать фоновые задания, чтобы соединения не оставались?

точнее удаляются из списка, но тутже снова появляются // вас не навивает на мысль, что у регламентного задания какая то цифра, отличная от нуля стоит в свойстве "Количество повторов при аварийном завершении"?
Ну а так наверное стоит стаыить крыжик "блокировка регламентных заданий в свойстве базы" :)

(1) Оно появляется не в списке сеансов, а в списке соединений. Если был был повторный запуск, то и сеанс бы новый стартанул.

Крыжик ставлю, новые не запускаются. А старые не убиваются