По сути вопроса.
1. Вводим начисление за первую половину месяца сотрудника, начисляем таким образом зп. НЗПП сформирует движение по регистру "Учет доходов для исчисления НДФЛ"
2. Вводим "отсутствие по не выясненной причине" на весь месяц. Оно не корректирует учет доходов по НДФЛ.
3.а. Вводим "Нначисление ЗП". В него сотрудник не попадет т.к. он отсутствует. Итог: регистр не откорректирован.
3.б. Вручную вводим сотрудника в НЗП, но там же ноль, и опять таки ничего не корректируется

Итог: сведения пролетают в 2-НДФЛ.

Вопрос. Что было сделано неправильно, и что надо делать чтобы правильно?

(0) всё правильно вроде. За первую половину месяца зарплата посчиталась, с него взялся НДФЛ.

чтобы НН перетирал Я совсем не логично

Ничего не понятно. Что там корректировать? Если в Начислении ЗП кнопкой заполнить сделать, то на вкладку НДФЛ этот сотрудник должен попасть.

У него будет выплата дохода, которая прошла, рассчитанный НДФЛ, но будет долг за сотрудником.

Сначала пункт 2. "Вводим "отсутствие по не выясненной причине" на весь месяц", а потом пункт 1 "Вводим начисление за первую половину месяца сотрудника, начисляем таким образом зп"
.