Необходимо при каждом запуске программы проверять установку некоторых функциональных опций и выводить сообщение об отсутствии части функционала и предложение эти функциональные опции включить.
Подскажите, куда все это лучше добавить? В какой модуль/процедуру?

Спасибо.

Очевидно,что нужно регистрировать в БСП свою подстстему и в ней при начале работы системы.

(0) В голой конфигурации - в событии ПриНачалеРаботыСистемы модуля нужного приложения. Раньше работать с интерфейсом/задавать вопросы нельзя. В типовой на основе БСП - см. (1)