Тут иногда создают корректировки, где количество для возврата больше, чем количество в реализации. Контроль остатков отключен, реализация в минус проводится. А как сделать, чтобы корректировка реализации тоже не ругалась, если там больше?

Никак тут НК РФ менять нужно уже

(1)
Если в конфигураторе тупо проверку отключить, это нигде потом не выскочит?

(0) провести с тем количеством на который не ругается, потом ручной корректировкой подправить что нужно.