Пользователь хочет удалять документы по условию не выгоняя всех из базы , как лучше организовать и стоит ли ?

В произвольным образом взятых базах, для удаления чего-либо не требуется выгонять всех из базы.
Т.е. такой трабл не для всех баз имеет место.

(0)
Не типовым механизмом? (Пометка на удаление + удаление помеченных объектов?)

А если дождь во время усушки? Наверное очень опытный пользователь?

(0) есть 1000 и 1 вариация на эту тему.
вся логика сводится к следующему:
1. юзер при наличии прав или через привилегированный режим может вызвать объект.удалить()
2. юзер при наличии прав или через привилегированный режим может посмотреть наличие ссылок на объект. (ссылочная целостность)
монопольность тут нужна только чтобы другие юзеры в то же самое время не попытались использовать удаляемый объект.