Подскажите пожалуйста стандартная обработка ВыгрузкаЗагрузкаEnterpriseData загружает непроведенные документы. Как исправить?

(0) Поставить отбор Проведен = Истина

Если правила обмена типовые, то документ всегда после загрузки пытается провестись.
Попробуй после загрузки провести вручную, скорее всего выдаст ошибку, с которой нужно разбираться.