ТекстЗапроса =
"ВЫБРАТЬ
|    Номенклатура.Ссылка
|ИЗ
|    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура"
;
Запрос = Новый Запрос(ТекстЗапроса);
Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
Пока Выборка.Следующий() Цикл
    Об = Выборка.Ссылка.ПолучитьОбъект();
    Об.Удалить();
КонецЦикла;

Время от времени Выборка.Ссылка позиционируется на уже удаленную ссылку и Об=Неопределено.
Если запустить по второму кругу, продолжает работать.
Разве Удалить() сбивает порядок обхода выборки?

добавь проверку на Об=Неопределено
или включи Удалить в Попытку.

(0) Можно выгрузить в ТЗ и обходить его с конца, тогда такой проблемы не будет

(0) Видимо при удалении одних элементов, удаляются другие

(2) Не факт

иерархия. при удалении группы удаляются вложенные

(5) +1