Одна и та же база, при одной и той же операции в SQL-копии работает нормально, а в файловой выдаёт такую ошибку "Конфликт блокировок при выполнении транзакции: Не удалось заблокировать таблицу '_REFERENCE143'.
В файловой версии пользователь один.

Почему такое может быть?

пользователь может запустить фоновое задание, тогда будет уже несколько транзакций

(0) Тпе написан код, не учитывает полный лок таблицы.
(1) В файловом они нормально не работают.

В файловом можно запустить одно фоновое задание,но с учётом блокировки только всей таблицы сразу - больше и не надо.