При эксплуатации РИБ (ЗУП 3.1.27.111) сложилась парадоксальная ситуация: ТИИ во время проверки логической целостности "ругается" (35 страниц текста) нехорошими словами <Объект не найден> ...
В чём причина?

Причина в том, что в состав штатного плана обмена РИБ включены объекты, которые содержат ссылки на объекты... не входящие в состав плана обмена.

(0) это снимает с тебя вину за битые ссылки ?

Например:

В состав обмена включен регистр сведений НаличиеФайлов, у которого в измерение ОбъектСФайлами могут быть ссылки на записи справочника ПерепискаСКонтролирующимиОрганами. Этот справочник не включен в состав плана обмена ОбменВРаспределеннойИнформационнойБазе...

И возникает вопрос: удалить из состава регистр сведений или включить в состав справочник? Или что?

(1) Ох уж эти извечные русские вопросы "Кто виноват?" и "Что делать?"... Ответ на вопрос "Кто виноват" - не актуален. Что делать?

(3) [Что делать?]
перенести в обход РИБ, в данном случае через выгрузкузагрузку в идентичную

(4) Хех, Ваша мысль понятна. Муторно, но имеет место быть...
"Но есть один нюанс" :)

Один из узлов РИБ - это "сама" организация (которая ведёт "свою" переписку с контролирующими органами). А остальные узлы - это обособленные подразделения (у которых "своя" переписка со "своими" контролирующими органами)...

Чисто формально, методисты ЗУПа как бы, где-то, некоторыми местами в своём праве: у каждого узла РИБ, есть "свои" данные, не для обмена.

(5) если тебе нужен разный набор данных в Рг сведений НаличиеФайлов в разных узлах, то методика проста:
- расширением заблокировать регистрацию на время лечения
- удалить лишние записи
- сделать ТиИ, если того требует регламент
- расширением же ограничить регистрацию лишнего

(6) Ну, да, была такая идея: сознательно "рассинхронизировать" записи регистра сведений - установить правила на регистрацию изменений этого регистра (у каждого узла пусть будет "свой" набор записей).