Вот такой запрос по Операциям (ввод остатков по свертке базы):
    |Период с ДатаС по ДатаПо;
    |Сч=Операция.Счет;
    |Склад=Операция.Субконто.МестаХранения;
    |Номен=Операция.Субконто.Номенклатура;
    |КорСч=Операция.КорСчет;
    |Количество=Операция.Количество;    
    |Сумма=Операция.Сумма;    
    |Группировка Номен упорядочить по Номен.Код;
    |Функция КолСКД=СКД(Количество);
    |Функция СумСКД=СКД(Сумма);
    |Условие (Сч=ВыбСч);  
    |Условие (Склад=ВыбСклад);
    |"

В Анализе счета по субконто и в самой операции есть провдка с количеством "минус 1", а запрос выводит количество  = 0

(0)ну черные запросы к бухитогам изначально нормально не работали и не рекомендовались к применению

отрицательная проводка это не отрицательное сальдо, не так ли?

Перебирать тогда Операции без запроса что ли

СКД/CКК по Операции?
сальдо на начало Операции и на после Операции? сомневаюсь что такое даст

(0) СКД - это сальдо конечное дебетовое, его не может быть в операции. Используйте СУММА(...) или делайте запрос к остаткам по счету, а не к документу

(0) возьмите обработку конструктор запросов для 1с 77 и не парьтесь с составлением своих собственных кривых запросов

(1) А где вы в (0) видите черный запрос?

(7) Это и есть "черный запрос". В отличие от "цветного" запроса к бухитогам.

(8) Точно,перепутал с прямыми.