Документ Приобретение ТиУ (Закупка у поставщика), выбираем Контрагента, и каждый раз приходится выбирать договор. Штатного механизма не нашли как установить договор по умолчанию (Основной договор).

Остается допиливать?

ну в Бухгалтерии так:
в форме спр. "Контрагенты", на закладке "Договоры" кнопка "Использовать как основной"

Согласен с вами, что в БП так и есть, вопрос про ERP, как в нем быть с этим неудобством.

(2) Сделайте как в БП