Здравствуйте. В ДО 2.1 (2.1.36.3) ведется работа нескольких организаций,  руководитель одной организации видит документы других организаций, куда стоит обратить внимание, чтобы ограничить доступ. Настройки для обычных сотрудников, в том числе и руководителей, но только подчиненной структуры, отрабатывают корректно.

Снесите пользователя-руководителя.
Скопируйте "правильного" пользователя и переименуйте в руководителя.

(0) Первым наперво обратить внимание на других сотрудников, которые потенциально могут этому руководителю предоставлять доступ к документам иной организации.
вторым наперво посмотреть права доступа у данного пользователя, нет ли там прав админситратора.
третьим сделать ограничение доступа по Организации в настройках этого пользователя.

(0) Настрой права, будь мужиком бл....дь!