Добрый день! Лью данные из нетиповой базы ут в розницу.

В кд2 в документе перемещение товаров есть алгоритм СозданиеДокументовВПеремещенииТоваров. Как сделать чтобы при формировании модуля загрузки алгоритмы подставлялись по месту вызова?

Если я верно понял вопрос, то можно воспользоваться механизмом алгоритмов. См вложения.

Логика такая:
1. Помещаешь в Параметры входящие данные для алгоритма;
2. Вызываешь алгоритм;
3. Алгоритм складывает результаты своей работы в Параметры;
4. По месту вызова берёшь из параметров результат.