При закрытии месяца программа криво закрывает налоговый учет, где она формирует лишние движения с "Операция учета себестоимости" = "Списание на другие партии". Речь о регистре себестоимости.
В этих движениях она отражает количество и суммы по ПР и ВР.
При этом суммы ПР и ВР такие же как в движениях по передаче продукции из производства "Операция учета себестоимости" = "Перемещение".
В итоге, если делать отбор по партии и товару в регистре себестоимости Приход и Расход, то по ПР и ВР отличается по итоговой сумме. По Расход больше выходит чем приход и получаем на остатках зависшие минусовые ПР и ВР по партии.

Сталкивался ли кто-то с такой проблемой уже на ERP 2.5.25?

Белеберда какая-то с этим закрытием месяца, пока голова не переваривает, да и отладчик не поможет ибо одна попытка, - это мнооого часов ожидания.

Пока понятно, что при передаче ИЗ производства на склад прога теряет сумму НУ и потом как следствие высчитывается большая ВР.
ВР = БУ - НУ - ПР
По большей части получается ВР = БУ ибо и ПР часто 0
Потом по ВР и получается минус больших размеров на остатках (в цехе) после передачи продукции на склад для последующей продажи.

(1) с 25 релизом не работаю(только LTS), как следствие советы общего плана:
- сделать минимальную модель, по новому юр.лицу, запулить начальные остатки и короткую цепочку документов для воспроизведения ошибки
- обновить модельную копию до крайнего релиза, возможно отсутствие в баг-тракере данной ошибки не означает парирование
- и рабочий вариант в запросах выборки данных для себестоимости воткнуть свой патчик для расчёта ВР и ПР по БУ и НУ, у меня со времён 2.5.7 так сделано для ряда хоз.операций