Есть модуль Битрикса, 3 года назад он поставлялся как доработка основной конфигурации, у нас сейчас на нём завязано несколько расширений

Я думаю будет правильно из типовой конфигурации убрать объекты конфигурации Битрикс, и сделать из неё расширение.

Кто что посоветует ?

Пробую и так и сяк, но 1С не позоволяет изменять принадлежность модулей (из конфы в расш).
Я так понимаю остается только вручную переносить ?

выгрузка в файлы -> правка -> загрузка из файлов

(1) да
(2) данные это не перенесет правильно

(1) в планах развития 8.5.4 был перенос туда обратно, но планы перенесли на след релизы
В планах на 8.5.5 этого нет

(4) понял все, благодарю!

(2) как вариант, ну там другие подводные камни.

остается точечно вручную перенести необходимое, а далее
создать альтернативные реквизиты и перенести значения обработкой

(3) Для данных код писать
Сначала оставить в конфе, сделать расширение с префиксом
Затем перенести данные
И удалить в конфе

Но имхо критичные данные в расширениях лучше не хранить
Все еще чревато

(6) больше страшилки. Тьфу тьфу тьфу, 8 лет храним, полет нормальный

(6) были какие то проблемы с этим уже?
с данными в расширении

(8) это такая лотерея. если ваше расширение в принципе может не примениться из-за какой-то изменённой зависимости при обновлении основной конфы, то последствия могут быть прискорбными.
если расширение полностью изолировано (а такое бывает?), то будет жить как ни в чём не бывало.

(8) клиент при смене платформы получил ошибку в структуре таблиц бд с расширением. пришлось отключать расширение с переносом данных в новое подключенное.
а так, давно использую - нет проблем)))