Есть реализация товаров и услуг. На основании создана счёт фактура(программно). При открытии реализации внизу пишет, что есть счёт-фактура и номер, отличающийся от номера, который указан в СФ в поле "для печати". При печати УПД берёт нужный номер. Лечить программно или есть настройки вывода префиксов?

Указывается номер документа в базе. У вас же не указывается входящий номер УПД, когда вы открываете документы-основания для входящего СЧФ? Здесь аналогично. Хотите менять - переписывайте формирование этой гиперссылки.

(0) В счет-фактуре есть реквизит ПредставлениеНомера (Номер на печать), заполняется у вас?